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脊椎动物病毒是以脊椎动物（包括人类）为宿主的。由于脊椎动物独特的特异性抗体和细胞免疫的进化，免疫系统发展得比无脊椎动物完善，因此，被病毒感染后的反应比较显著，对病毒遗传变异的影响也比较突出。脊椎动物受病毒感染后，多数表现为急性或隐性的短期感染；如流行性乙型脑炎病毒和森林脑炎病毒，在人体所引起的显性或隐性感染都是短期的，但在其媒介（蚊或蜱）体内由于没有特异性免疫，病毒可长期繁殖存在。

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