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在中国当时的政府系统中，1861年起海关由新设的总理各国通商事务衙门(1902年改为外务部)统辖；1906年改隶专设的税务处；1928年后改由财政部关务署统辖。 海关的最高机关是总税务司署，设总税务司、副总税务司，下设六个办事文案。1896年上谕总税务司兼办邮政,赫德遂兼总邮政司,并设邮政局总办、副总办。又同文馆的教习也在总税务司署编制。1901年同文馆合并于京师大学堂，1911年邮政为邮传部接管，二者脱离海关。中华民国建立后,总税务司署组织改为五科三处,旋又改为九科二处。总税务司署直辖全国各税务司署，亦即各口海关。