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蓝藻纲为裂殖植物门(Schizophyta)两个纲中的一个， 另一纲为裂殖菌纲(Schizomyctes)，或称细菌纲．蓝藻纲有时也列为蓝藻门(Cynophyta)，和粘菌纲(Myxophyceae)、 裂殖菌纲合称为蓝藻．蓝藻自由飘浮在淡水和海水里，以及全世界地面潮湿的亚气生的深沟里．它们分布在淡水中的比海水中的多，分布在近水面的比数英尺深的多．浪花喷射的悬岩、湿淋的暗礁以及临时的水池等地蓝藻的分布似乎特别多．它们也常出现在温泉之内及其周围的地方，有时在稍低于沸点温度的温泉里也有其分布。

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