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无论是内吞作用还是外排作用，一旦转运囊泡识别靶膜并停泊在那里之后，下一步即涉及到膜的融合过程，以卸掉膜泡内含物。正常情况下，细胞膜不能自发地融合，只有除去亲水膜表面的水分子使膜之间的距离近至1.5nm，才有可能发生膜融合，显然这是一种在能量上高度不利的过程，因此推测在细胞的内吞或外排过程中有某种膜融合蛋白（fusionprotein）参与催化，以克服质膜融合过程中的能量障碍。