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只水解糖原或支链淀粉分枝点的-1,6糖苷链，切下整个侧枝，形成长短不一的直链淀粉。异淀粉酶对底物的作用特点，可以从其对糯米淀粉作用后产物的特性得到证实。当异淀粉酶作用于糯米淀粉时，随着解支作用的进行，碘色反应由红变蓝，还原力增加，在丁醇中发生沉淀，淀粉溶液变为易于老化，出现了直链淀粉的特征。异淀粉酶与其他淀粉酶配合使用时，一个引人注目的现象是，可使淀粉糖化完全。