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张仲景医学院的前身是创办于1951年的南阳卫校，2004年经国家教育部批准升格。2006年南阳市委、市政府对南阳医学教育资源进行整合，委托南阳医学高等专科学校对南阳中医药学校、南阳理工学院国医国药系（原张仲景国医大学）、南阳市一职专实行“五统一”代管，形成了以西医为主体、中医为特色、中西合璧、优势互补的办学格局。2015年南阳医学高等专科学校升本失败，南阳市“十三五规划”明确指出支持南阳医学高等专科学校专升本。